Fünf Kinder aus der realen Welt wurden in die digitale Welt gerufen, um die "legendären Geister" zu erwerben, um die digitale Welt vor einem der drei heiligen Engel, Cherubimon, zu retten, der sich gegen die anderen beiden aufgelehnt hat. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei und Tomoki sind die fünf auserwählten Kinder aus der realen Welt, die die Geister nutzen müssen, um sich zu den legendären Kriegern zu "entwickeln".