GX spielt einige Jahre nach der vorherigen Yu-Gi-Oh!-Serie und folgt einer neuen Generation von Duellanten an der angesehenen Duel Academy - einem hart umkämpften Internat, in dem Bleistifte und Bücher durch Duel Disks und Monsterkarten ersetzt wurden! Dennoch geht es für diese aufstrebenden Studenten nicht nur darum, die Klasse zu schaffen - es geht darum, der nächste King of Games zu werden!