Takato Matsuki, Rika Nonaka und Henry Wong sind Kinder, die an einem schicksalhaften Tag echte Digimon erhalten, im Gegensatz zu den imaginären in dem Kartenspiel, das sie spielen. Jedes der Kinder, oder "Digimon Tamers", hat seine eigenen Ansichten darüber, wie Digimon behandelt werden sollten. Aber als andere Digimon in Japan auftauchen, müssen sie ihre Differenzen beiseite legen, um sowohl die digitalen Eindringlinge als auch diejenigen abzuwehren, die alle Digimon vernichten wollen!