Im Kampf gegen die Klaxosaurier sind nur die Kinder, die als Parasiten eingestuft werden, die Hoffnung der Menschheit in dieser sterbenden Welt. Die Parasiten kämpfen in mechanisierten Anzügen, die als FRANXX bekannt sind, und werden in männlichen und weiblichen Paaren gruppiert, um sich den monströsen Kreaturen zu stellen. Hiro war einst ein Wunderkind unter den FRANXX-Piloten. Doch als er den Kampf aufgibt, trifft er Zero Two, das Mädchen mit den Hörnern, und findet einen neuen Grund, weiterzumachen.