Der Film spielt in einem futuristischen Japan nach dem Ende eines brutalen Weltkriegs. Die Wissenschaft hat sich sprunghaft weiterentwickelt und gibt der Menschheit die Möglichkeit, das Leben zu verlängern und das Leiden durch den Einsatz hochentwickelter Kybernetik zu verringern. Da die gesamte Menschheit in einem System von Gedanken und Persönlichkeiten, den sogenannten Ghosts, verbunden ist, ist die größte Bedrohung für die Zivilisation die Cyber-Terroristen, die in der Lage sind, die Körper und Erinnerungen der Menschen zu kapern. Als sich ein Geister infizierender Virus, bekannt als Fire-Starter, im System auszubreiten beginnt und zur Ermordung des japanischen Premierministers führt, werden Major Motoko Kusanagi und ihr Eliteteam von Spezialagenten hinzugezogen, um die Quelle aufzuspüren. Während sie immer tiefer in ihre Ermittlungen eintauchen, stoßen sie auf Spuren von Regierungskorruption und einen zwielichtigen Broker, der ein allzu bekanntes Gesicht trägt. Wenn Ihr Ziel überall sein und wie jeder andere aussehen kann, haben Sie nur die Wahl, Ihrem Geist zu vertrauen und zu hoffen, dass Sie nicht auch infiziert werden.