AMERICAN ASSASSIN folgt dem Aufstieg von Mitch Rapp (Dylan O'Brien), einem CIA-Black-Ops-Rekruten unter der Anleitung des Kalten-Kriegs-Veteranen Stan Hurley (Michael Keaton).  Die beiden werden daraufhin von der stellvertretenden CIA-Direktorin Irene Kennedy (Sanaa Lathan) angeworben, um eine Welle scheinbar wahlloser Anschläge auf militärische und zivile Ziele zu untersuchen.  Gemeinsam entdecken die drei ein Muster in der Gewalt, das sie zu einer gemeinsamen Mission mit einer tödlichen türkischen Agentin (Shiva Negar) führt, um einen mysteriösen Agenten (Taylor Kitsch) aufzuhalten, der einen Weltkrieg im Nahen Osten anzetteln will.