Sie sind nicht allein. Wann auch immer, für immer. Yuuta Hibiki ist ein Schüler im ersten Jahr der Oberschule und lebt in Tsutsujidai. Eines Tages wacht er ohne seine Erinnerungen auf. Später trifft Yuuta den Hyper-Agenten GRIDMAN, der sich in einem alten Computer befindet. GRIDMAN sagt ihm, dass er seine Aufgabe erfüllen soll. Yuutas Suche, die Bedeutung hinter diesen Worten zu verstehen und seine Erinnerungen zu finden, beginnt. Während all dies plötzlich geschieht, hat Yuuta hilfreiche Unterstützung von seinen Klassenkameraden, Shou Utsumi, Rikka Takarada und Akane Shinjou, aber... Diese friedlichen Tage werden durch ein plötzlich auftauchendes Monster erbarmungslos zerstört.