Nachdem im Finale der fünften Staffel ein Terroranschlag auf dem Berliner Hauptbahnhof vereitelt werden konnte, setzt die sechste Staffel einige Monate später nach der Wahl des neuen US-Präsidenten ein.  Carrie Mathison ist zurück auf amerikanischem Boden, lebt in Brooklyn, NY, und arbeitet bei einer Stiftung, die der muslimischen Gemeinde in den Vereinigten Staaten hilft.  Während ihr entfremdeter Mentor Saul Berenson und Dar Adal mit den Vorbereitungen für den neuen Präsidenten beginnen, erholt sich Quinn, die am Ende der letzten Staffel am Leben gelassen wurde, in den Staaten.