Als im Tokioter Stadtteil Ginza plötzlich ein mysteriöses Tor auftaucht und beginnt, bewaffnete Krieger und fliegende Monster auszuspucken, gerät die Welt in Aufruhr. Obwohl der tödliche Angriff von Japans Selbstverteidigungsstreitkräften zurückgeschlagen wird, befindet sich nun ein neues und völlig unbekanntes Land auf der anderen Seite des Portals, und Japan befindet sich effektiv im Krieg mit einer Nation auf der anderen Seite.
Entschlossen, den Frieden zu sichern, muss die JSDF eine bewaffnete Truppe in das Tor schicken, aber Oger, Drachen und ein skrupelloses Imperium, das von Elfen, Menschen und halb tierischen Kriegern bevölkert wird, sind nicht die einzigen Gefahren, denen sie begegnen werden. Da die Ressourcen zweier Welten auf dem Spiel stehen, ist das Gleichgewicht der Kräfte auf beiden Seiten des Tores destabilisiert, und Verrat kann jederzeit und von jeder Seite kommen. Dort, mitten im entstehenden Feuersturm, stehen Offizier Yoji Itami und das dritte Aufklärungs-Team der JSDF, als sie in das GATE stürzen.