Obwohl Kirito SAO verließ und in sein richtiges Leben zurückkehrte, war sein Abenteuer noch lange nicht vorbei. Kirito fand heraus, dass Asuna im Krankenhaus im Koma lag. Währenddessen versucht Nobuyuki Sugou von RECTO, der Firma, die den Besitz von SAO übernommen hat, Asuna zu heiraten, während sie im Koma liegt. Als er erfährt, dass Asuna in dem virtuellen Spiel namens Alfheim Online (ALO) gesichtet wurde, beschließt Kirito, noch einmal in die virtuelle Welt einzutauchen. Mit der Hilfe von Leafa eilt Kirito zum Weltenbaum, wo Asuna angeblich gefangen gehalten wird.